L'Ifremer contribue, par ses travaux et expertises, à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et du littoral et au développement durable des activités maritimes. À ces fins, il conçoit et met en œuvre des outils d'observation, d'expérimentation et de surveillance, et gère des bases de données océanographiques.

Il opère également une part très significative de la flotte océanographique, dont l’ensemble des systèmes sous-marins et équipements lourds mobiles (sismiques, pénétromètre...). Depuis mars 2011, la programmation et l’évolution de l’ensemble de la flotte océanographique française sont portées par l’UMS Flotte, dont la direction a été confiée pour quatre ans à l’Ifremer.

Créé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, et de la Transition écologique et solidaire.

L'Ifremer travaille en réseau avec la communauté scientifique française, mais aussi des organismes partenaires dans de nombreux pays. La coopération est centrée sur des grands programmes internationaux, sur l'Outre-mer et sur quelques pays-cibles (États-Unis, Canada, Japon, Chine, Australie, Russie), et sur une politique méditerranéenne associant l'Europe à la rive Sud de la Méditerranée.

L’Ifremer mène une recherche finalisée afin de répondre aux questions sociétales actuelles (effets du changement climatique, biodiversité marine, prévention des pollutions, qualité des produits de la mer…). Les résultats couvrent la connaissance scientifique, les innovations technologiques ou les systèmes d'observation et d'exploration de l'océan. Le partenariat est public, privé ou associe les deux.

Il exerce une surveillance des mers et du littoral, en soutien à la politique publique de gestion du milieu et des ressources. A partir d'avis ou de rapports d’études, de campagnes d'évaluation, de réseaux de surveillance ou de suivi du milieu marin, l'Ifremer apporte son expertise sur des grandes questions scientifiques dans les domaines de compétences de l'Institut et en lien avec les professionnels.

Il assure le développement, la gestion et la mise à disposition de grandes infrastructures de recherche – flotte, moyens de calcul, centre de données, moyens d'essais, structures expérimentales – à la disposition de la communauté scientifique nationale et européenne, mais aussi dans le cadre de partenariats de recherche public / privé.

L'institut est structuré autour des composantes suivantes :

• le volet scientifique et technologique composé de la direction scientifique et de quatre départements qui rassemblent le personnel scientifique et technique : Département des Ressources Biologiques et Environnement, Département des Ressources physiques et Écosystèmes de fond de Mer, Département Océanographie et Dynamique des Écosystèmes et Département Infrastructures de Recherche et Systèmes d’Information.

• le volet appui à la recherche composé de l'agence comptable et de directions fonctionnelles : Direction des Ressources Humaines, Direction Administrative Juridique et Financière, Direction de la Communication, Direction des Affaires Européennes et Internationales, Direction du Développement, de la Valorisation et des Partenariats Économiques.

• le volet territorial composé des directions de centres qui accueillent les équipes Ifremer.

• la direction de la flotte océanographique qui opère la flotte océanographique française (Très grande infrastructure de recherche) au bénéfice de l’ensemble des communautés d’utilisateurs français.