La MISEN regroupe l’ensemble des services de l’État et les établissements publics assurant des missions dans le domaine de l’eau et de la nature.

Elle constitue un pôle de coordination des actions de ces services afin d’améliorer l’efficacité de l’action administrative dans les différents domaines : ressources en eau, qualité des milieux aquatiques, assainissement, eau potable, gestion des risques liés aux inondations, documents de planification (SDAGE, SAGE, contrats de rivières), protection de l’environnement et de la biodiversité...

La MISEN ne se substitue pas aux services dont elle est constituée mais vise à assurer la cohérence de leurs actions avec la politique globale de gestion de l’eau et des milieux aquatiques et de l’environnement dans le département.