L’AFL est une Association loi 1901 fondée en 1954 et créée en 1961 qui compte parmi ses membres des enseignants, des chercheurs, des étudiants, des gestionnaires et des utilisateurs des ressources en eau. Elle regroupe les personnes les établissements, bureaux d’études ou associations qui s’intéressent aux écosystèmes d’eaux douces et saumâtres, à la recherche scientifique sur les milieux aquatiques et leurs bassins-versants, à la connaissance, à la gestion, à la protection, à la restauration ou aux services écosystémiques de ces milieux.

Elle est dirigée par un Conseil d’Administration constitué au maximum de douze membres, renouvelé par quart tous les deux ans et qui élit son Bureau.

Un congrès scientifique à caractère international (les Journées Internationales de Limnologie ou JIL) a lieu tous les deux ans en France ou dans un pays francophone et une assemblée générale se tient alors à cette occasion. Ces journées sont régulièrement couplées avec l’Union des Océanographes de France (UOF) et s’intitulent alors « les Journées Internationales de Limnologie et d’Océanographie » (JILO).

L’Association Française de Limnologie est membre de l’EFFS (European Federation for Freshwater Science).

L’AFL communique des informations à ses membres par le canal de sa liste de diffusion et de son site Internet. Elle publie/édite et vend une série d’ouvrages de référence permettant l’identification d’organismes des eaux douces ainsi que des affiches dédiées.

Enfin, des bourses sont attribuées aux étudiants pour participer aux congrès organisés et/ou parrainés par l’AFL.