Placé auprès du Premier ministre, le secrétariat général de la mer (SGMer) a été créé par le décret n° 95-1232 du 22 novembre 1995. Il anime et coordonne les travaux d'élaboration de la politique du Gouvernement en matière maritime, propose les décisions qui en découlent et s'assure de la mise en œuvre de la politique arrêtée.
Le SGMer exerce une mission de contrôle, d’évaluation et de prospective, assure la coordination du suivi des textes relatifs à la mer et en propose les adaptations nécessaires, compte tenu de l'évolution du droit international et communautaire.
Le SGMer est associé à l'élaboration des politiques publiques concernant la mer et le littoral et veille à ce que les décisions du Gouvernement soient conçues et mises en œuvre en étroite concertation avec l’ensemble des professionnels concernés, afin d’assurer le développement harmonieux des différentes activités maritimes.
Le SGMer anime et coordonne l’action des préfets maritimes et délégués du Gouvernement outre-mer pour l’action de l’État en mer.
Les principaux établissements publics sous tutelle du Secrétariat d'État chargé de la Mer sont l’École nationale supérieure maritime (ENSM), et l’Établissement national des invalides de la marine (ENIM), qui est l'organisme de protection sociale des marins.
Les établissements publics sous cotutelle avec le ministère de la Transition écologique sont les 11 grands ports maritimes (GPM) de Bordeaux, Dunkerque, Guadeloupe, Guyane, Le Havre, Marseille, Martinique, Nantes-Saint-Nazaire, La Réunion, La Rochelle et Rouen, ainsi que les deux ports autonomes de Paris et de Strasbourg.
L’Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer) est sous cotutelle des Secrétariat d'État chargé de la Mer, de la Transition écologique, de l’Agriculture et de lʼEnseignement supérieur, de la Recherche et de lʼInnovation.
Enfin, le Secrétariat d'État chargé de la Mer intervient dans la gouvernance des établissements publics suivants : Office français pour la biodiversité (OFB), Voies navigable de France (VNF), Conservatoire du littoral, Parc national des Calanques, de Guadeloupe, de Port Cros, et les agences des 50 pas géométriques de Guadeloupe et de Martinique.