En tant qu’EPTB le SMIDDEST assure la Maîtrise d'ouvrage des différents points suivants :

Etudes : Le SMIDDEST est maître d'ouvrage des études pour son propre compte ou pour le compte de la CLE du SAGE, en matière de gestion de l'eau et de préservation des milieux aquatiques.

SAGE Estuaire de la Gironde et milieux associés : Le SMIDDEST est la structure porteuse du SAGE. Il assure le processus d'élaboration, de mise en œuvre et de suivi, l'organisation des réunions de la CLE, le secrétariat de la CLE, l'animation des différents dossiers associés.

PAPI Estuaire de la Gironde: Le SMIDDEST est la structure porteuse du PAPI d'intention de l'Estuaire de la Gironde visant à élaborer un schéma global de gestion et de prévention des inondations fluvio-maritimes. Le SMIDDEST anime lePAPI, supervise et lance les différentes études, assure la concertation et les démarches administratives.

Préservation des zones humides : Le SMIDDEST, dans le cadre de la mise en œuvre du SAGE, développe une animation spécifique sur la thématique des zones humides qui a pour but :

- de développer la connaissance et les outils méthodologiques nécessaires à la préservation des zones humides de l’estuaire de la Gironde

- d’accompagner les collectivités et les acteurs locaux dans l’intégration de l’enjeu « zones humides » à leurs projets

- de favoriser la mise en œuvre de programme de préservation de zones humides à forts enjeux environnementaux

- de suivre et d’évaluer la politique « zones humides » du territoire, en analysant l’impact cumulé des projets.