L'Académie de l'Eau a été créée en 1993 à l'initiative de six agences de l'eau et du ministère chargé de l'environnement.

La mission qui lui a été assignée est de développer les réflexions transversales entre le secteur de l'eau et les domaines dans lesquels celle-ci intervient : villes, zones rurales, industrie, santé, etc.… en utilisant les moyens d'action modernes : gouvernance et gestion par bassin, développement durable, etc.…et en s'appuyant sur l'information, l'éducation, la sociologie et l'économie.

L'Académie de l'Eau à pour objet :

- de valoriser le patrimoine que constitue l'eau en favorisant les échanges d'informations (techniques, juridiques, scientifiques, culturelles...) et les réflexions thématiques ;

- de contribuer à la prise de décision en matière d'eau, notamment par l'organisation de colloques, par l'initiative et l'encadrement d'études, par des recommandations générales... ceci dans le mais de contribuer à un développement durable ;

- de développer les relations nationales et internationales entre tous les acteurs concernés par l'eau ;

- d'améliorer la sensibilisation de l'opinion publique aux problèmes de l'eau.

Pour cela, ses 205 membres comportant des spécialistes et organismes, se répartissent à 50 % entre experts de l'eau et d'autres disciplines (médecine, écologie, éducation, écologie, économie, urbanisme, sociologie...). Ils travaillent, en compagnie d'une équipe permanente de chargés de mission, dans 11 groupes de travail avec un Président et se réunissent chacun deux à trois fois par an. Ils élaborent à partir de cas de terrain des guides d'action et les soumettent à des instances internationales comme l'UNESCO, l'Union européenne ou le Forum Mondial de l'eau.

Depuis 1996, l'Académie de l'Eau a pris la forme d'une association loi 1901.

Elle fournit l'essentiel de son activité en s'appuyant sur une équipe permanente composée de quatre chargés de mission et d'un secrétariat général.