Dans chaque bassin, un comité de bassin, « parlement local de l’eau », élabore une politique de gestion de l’eau conciliant les besoins du bassin avec les orientations nationales. Les comités de bassin réunissent des représentants des collectivités locales, des usagers et personnes compétentes, des membres de l’Administration ainsi que des milieux socioprofessionnels en vue d’émettre des avis et d’élaborer une politique de bassin cohérente avec les orientations nationales et avec les directives européennes. La concertation entre les différents acteurs de l’eau est en effet la clé de voûte du système français de gestion de l’eau.
Les comités de bassin élaborent des plans d’action nommés SDAGE (Schémas Directeurs d’Aménagement et de Gestion des Eaux), qui fixent les orientations fondamentales de la politique de l’eau pour 7 ans. Deux principes sont mis en œuvre : la gestion de l’eau doit évoluer vers une gestion des milieux aquatiques, et elle doit donner priorité à l’intérêt collectif. Il s’agit de garantir un développement durable conciliant le développement socio-économique avec la préservation des milieux aquatiques et l’équilibre des usages de l’eau.
Pour élaborer les SDAGE, les comités de bassin s’appuient sur les avis de commissions où siègent acteurs et usagers de l’eau : usagers industriels, agriculteurs et domestiques, associations de consommateurs, collectivités locales, administration, élus locaux. Avant d’être définitivement adoptés, les SDAGE sont mis en consultation auprès des Conseils départementaux, des Conseils régionaux, de la Mission Interministérielle de l’Eau et du Comité National de l’Eau et doivent être approuvés par les préfets coordonnateurs de bassin.
Le comité peut être consulté par le ministère de la transition écologique et solidaire sur les grands aménagements, sur l’opportunité des travaux d’intérêt commun, sur les orientations essentielles en matière de gestion du milieu aquatique naturel.
Le rôle du comité de bassin est conforté par la loi du 30 décembre 2006. Le comité de bassin fixe les grandes orientations de l’agence, notamment sur le contenu du programme d’intervention pluriannuel de l’agence proposé par le conseil d’administration et sur les taux des redevances sur proposés par le conseil d’administration. Les procédures électives pour désigner les membres du comité de bassin, en particulier les représentants des collectivités territoriales, seront développées pour démocratiser la composition du comité de bassin et renforcer sa légitimité. La parité des deux collèges élus et usagers est maintenue. La loi propose la création de commissions géographiques pour rapprocher le comité de bassin du local.
Le décret du 10 mai 2017 a fait évoluer la composition des comités de bassins pour tenir compte de la loi de 2016 relative à la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages et des recommandations émises par le Comité national de l’eau fin 2016. Ainsi, des parlementaires et certains représentants de groupements de collectivités territoriales (EPTB, EPAGE, syndicats mixtes) sont désormais membres du premier collège de ces comités, conduisant à une diminution de la représentation de certaines catégories de collectivités, notamment des conseils départementaux. Le second collège des usagers comprend désormais des représentants des milieux marins et de la biodiversité. Ce décret élargit par ailleurs à l’ensemble des milieux naturels les compétences de la commission relative aux milieux naturels aquatiques des comités de bassin, et ajuste en conséquence sa composition en y incluant notamment des représentants des comités régionaux de la biodiversité créés par la loi du 8 août 2016.